Систематика бактерій — це розділ мікробіології, що займається класифікацією, ідентифікацією та назвами бактерій відповідно до їхніх морфологічних, біохімічних, генетичних та філогенетичних характеристик. Сучасна систематика бактерій базується переважно на молекулярно-генетичних методах, зокрема на аналізі рРНК 16S.
Основні рівні таксономії бактерій:
- Домен (Domain) – Bacteria (бактерії), Archaea (археї)
- Тип (Phylum) – напр. Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria
- Клас (Class) – напр. Gammaproteobacteria
- Порядок (Order) – напр. Enterobacterales
- Родина (Family) – напр. Enterobacteriaceae
- Рід (Genus) – напр. Escherichia
- Вид (Species) – напр. Escherichia coli
Основні принципи сучасної класифікації:
- Філогенетичний підхід — ґрунтується на аналізі нуклеотидних послідовностей (особливо гену 16S рРНК).
- Поліфазна таксономія — поєднує морфологічні, біохімічні, молекулярні та екологічні дані.
- Кодекс бактеріологічної номенклатури — регламентує назви та опис нових таксонів.
Відомі ресурси для систематики бактерій:
- LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature)
- Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology
- NCBI Taxonomy
| Еубактерії | Актиноміцети | Хламідо-бактерії | Міксо-бактерії | Спірохети |
| (справжні бактерії) | Паличковидні, нитяні бактерії без клітинних перегородок, схожі на малесенькі гриби | (нитяні залізобактерії) Паличковидні нитяні хемосинтезуючі бактерії, що відкладають окис заліза навколо клітини. | (слизисті бактерії) Паличковидні з тонкими гнучкими стінками. | Довгі тонкі гнучкі спіралевидні бактерії. |
| Еубактерії | Мікоплазми | Beggia toa | Рикетсії |
| (справжні бактерії) | Надзвичайно дрібні паразити різноманітної форми, не мають жорсткої клітинної стінки; нерухомі. | (нитяні сіркобактерії). Нитяні хемосинтезуючі бактерії, що відкладають сірку навколо клітини. | Невеличкі паличковидні паразити, схожі на крупні віруси. |