ДНК полімерази — це ферменти, які відіграють ключову роль у процесах реплікації ДНК. Вони забезпечують синтез нових ланцюгів ДНК, використовуючи одну з двох ниток старої молекули ДНК як матрицю. Ось кілька основних властивостей ДНК полімераз:
- Полімеризація нуклеотидів: ДНК полімераза додає нові нуклеотиди до 3′-кінця новоутвореного ланцюга ДНК, використовуючи комплементарність до нуклеотидів матричної нитки (аденін до тиміну, гуанін до цитозину). В результаті утворюється новий ланцюг, що доповнює старий.
- Напрямок синтезу: Синтез ДНК відбувається лише в напрямку 5′ до 3′. Тобто полімераза додає нуклеотиди до 3′-кінця нового ланцюга.
- Вимоги до матриці: Для роботи полімерази потрібна матриця — одна з ниток ДНК, на основі якої вона синтезує комплементарну нитку.
- Перевірка на коректність: ДНК полімерази мають здатність до корекції помилок (польова екзонуклеазна активність). Якщо в процесі синтезу помилка, наприклад, неправильний нуклеотид, полімераза може видалити цей нуклеотид і замінити його правильним, що сприяє точності копіювання генетичної інформації.
- Ініціація синтезу: ДНК полімераза не може ініціювати синтез нової нитки без допомоги спеціальних ініціаторів, таких як РНК-примірники. РНК-примірник створюється ферментом ДНК-лігазою або іншими допоміжними білками і служить стартовим пунктом для полімерази.
- Принципи роботи у різних організмах: У прокаріотів (наприклад, у бактерій) є кілька типів ДНК полімераз (наприклад, полімераза I, II, III), які виконують різні функції в реплікації та ремонті ДНК. У еукаріотів (людей, тварин, рослин) також є кілька типів, таких як ДНК полімераза α, δ, ε, кожна з яких виконує специфічні функції в процесах реплікації та репарації.
- Кооперація з іншими білками: ДНК полімераза працює в комплексі з іншими білками, такими як гельказа (розкриває спіралі ДНК), ДНК-лігаза (склеює розриви в ДНК), кліпувальні білки (що стабілізують частину полімерази на матриці), а також допоміжними протеїнами, що сприяють роботі ферменту.
| AmpliTaq R *** | Stoffel Fragment **** | Pfu | Vent | Vent (exo-) | Deep Vent | |
| MW | 94kDa | 61.3kDa | 90kDa | |||
| Single chain or subuinits | single | single | single | |||
| Number of amino acids | 832 | 544 | ||||
| Optimal extension temperature | 72-80 o C | 72-80 o C | 72-80 o C | 72-80 o C | ||
| Extension rate (72 o C) | 2-4 kb / min | 2-4 kb / min | ~ 1 kb / min | |||
| Reverse transcriptase activity | minimal, low | minimal, low | minimal, low | |||
| Half-life | 97.5 o C / 10 ‘97 o C / 40 ‘92.5 o C /> 130 ‘ | 97.5 o C / 20 ‘97 o C / 80 ‘ | 95 o C / 4h | 100 o C / 2h95 o C / 8h | ||
| c 10% гліцеролом | 95 o C /> 60 ‘ | ? | 95 o C /> 60 ‘ | |||
| з 5% формамідом | 95 o C / 16 ‘ | ? | 95 o C / 16 ‘ | |||
| з 10% формамідом | 95 o C / 2 ‘ | ? | 95 o C / 2 ‘ | |||
| c 10% гліцеролом5% формамідом | 95 o C / 24 ‘ | ? | 95 o C / 24 ‘ | |||
| процессівность(Підстав) | 50-60 (42-30) | 5-10 | 20-30 | 4-10 | 4-10 | |
| 5′-3 ‘екзо. активність | є | немає | немає | немає | немає | немає |
| 3′-5 ‘прим. активність | немає | немає | є | є | немає | є |
| A-tail | да | да (менше) | немає | немає | немає | |
| K m (DNA) | 1.4nM | 1.4nM | 0.1nM | 0.1nM | 0.01nM | |
| K m (dNTP) | 16μM | 60μM | 40μM | 50μM | ||
| питома активність | 250000u / mg | 22500u / mg | ||||
| Strand displacement | немає | є | є | |||
| Нік трансляція | є | немає | немає | немає | ||
| 3 ‘dNMP обмін | немає | є | немає | є | ||
| Частота помилок (х10 -6 ) | 285 | 50 | 1.6 | 57 | 190 | |
| довжина PCR продукту | ~ 5kb | * | ||||
| Mg 2+ | 1-4mM | 2-10mM | 1.5-8mM | 1-10mM | ||
| pH | 7.0-7.5 | 7.0-7.5 | 7.0-7.5 | |||
| dNTP | 40 -200μM | 40-200μM | ~ 200μM * | |||
| KCl | 50mM | 10mM | 0-100mM, 5-50mM (NH 4 ) 2 SO 4 | |||
| праймер | 0.1-1.0μМ | 0.1-1.0μМ | ||||
| Примітки | A 278 = 0.74 для 1mg / ml. | ** |