Human Metabolome Database (HMDB) — це безкоштовна електронна база даних, яка містить детальну інформацію про дрібні молекули‑метаболіти, що присутні в організмі людини. Використовується для метаболоміки, клінічної хімії, пошуку біомаркерів, навчання та науки. Базу створено та підтримує Human Metabolome Project (Університет Альберти, Канада) та інші партнери.
Що міститься в HMDB
- Наразі — близько 220 945 записів метаболитів (включно з розчинними у воді та ліпідах) у версії 5.0.
- Пов’язані з цими метаболитами — ~8610 білків‑ферментів та транспортних білків.
- Кожен запис (MetaboCard) містить ~130 полів даних: хімічні властивості, клінічні дані, біохімічні/ензимні дані тощо.
- Є спектральні дані: мас‑спектри (MS/MS), NMR (^1H і ^13C), GC/MS та інші.
Що можна робити через HMDB
| Функція | Що це дає |
|---|---|
| Пошук метаболіту | За назвою, за структурою (SMILES, InChI тощо), або через спектр. Домашньо для ідентифікації невідомих сполук. |
| Дані клінічних концентрацій | Норми та відхилення концентрацій метаболитів у різних біорідінах/тканинах, в здорових і хворих станах. |
| Функція/біохімія | Які ферменти або транспортери асоційовані з метаболітом, які шляхи метаболізму. |
| Спекторні дані | Порівняння спектрів для ідентифікації метаболитів в суміші. |
| Завантаження даних | Повні набори даних (структури, спектри, записи) доступні для завантаження. |
Обмеження / застереження
- Дані часто пеервіряються вручну, тому є часові затримки у оновленні.
- Не всі передбачувані метаболіти (тобто які можуть існувати за біохімічною логікою) вже експериментально верифіковані.
- Використання великої частини даних у комерційних цілях може вимагати дозволу. )