- GeneCaRNA — це база даних для некодованих РНК (ncRNA) людини.
- Це частина “GeneCards Suite” — набору ресурсів, пов’язаних із генами, хворобами, регуляторними елементами тощо.
Основні характеристики GeneCaRNA
- Містить ~ 219 587 генів- ncRNA. Це набагато більше, ніж у багатьох попередніх джерел.
- Дані об’єднують інформацію з кількох важливих ресурсів:
- RNAcentral (включає дані з багатьох різних баз транскриптів)
- HGNC, Ensembl, NCBI Gene як джерела для ncRNA генів
- Кількість довгих некодованих РНК (long ncRNAs, > 200 нуклеотидів) — приблизно 120 000, з яких ~100 000 — нові гени, про які раніше мало даних.
Інформація, яку надає GeneCaRNA
Для кожного ncRNA‑гену є такі типи анотацій:
- геномне розташування (ненарушені координати)
- тип ncRNA (lncRNA або інші підкласи)
- взаємодії, отримані через текстовий майнінг (наприклад, з якими білками чи іншими ncRNA ці ncRNA можуть взаємодіяти)
- пов’язаність із хворобами (часто через дані з MalaCards) для деяких ncRNA генів.
- також є зв’язки з шляхами (pathways) — хоча наразі для порівняно невеликої кількості лнцРНК генів є інформація про шляхи.
- регуляторні елементи через GeneHancer для багатьох лнцРНК‑генів — це допомагає зрозуміти, які енхансери чи промотери можуть контролювати їхню експресію.