PathCards — це база даних про біологічні шляхи (pathways) у людини, яка об’єднує багато різних джерел, щоб спростити аналіз і зробити інформацію чіткішою.
Замість того, щоби просто показувати всі шляхи окремо від кожного джерела, PathCards групує та консолідує їх у SuperPaths — кластери шляхів, які мають схожий набір генів.
Основні характеристики
- Має ~ 1 650‑1 700 SuperPaths на даний момент, залежно від версії.
- Дані беруться з 11 джерел шляхів (pathway databases).
- Навколо кожного SuperPath є карта, яка показує, які окремі шляхи складають цей SuperPath, наскільки вони перекриваються за генами, які гени належать до них тощо.
Що міститься на сторінці одного SuperPath (PathCard)
Коли ви заходите на сторінку конкретного SuperPath, ви побачите такі розділи: (
- Нейронна мережа шляхів (Pathway Network) — графік, який показує, як окремі шляхи (constituent pathways) зв’язані між собою через спільні гени.
- Склад шляхи‑учасники (Member Pathways) — таблиця з назвами шляхів, джерелами, списком генів у кожному з них.
- Гени, пов’язані з SuperPath — які гени включені, скільки з цих шляхів включають кожний ген (тобто наскільки “центральним” чи “розподіленим” він є).
- Захворювання, пов’язані з цим SuperPath — через аналіз наборів генів і через джерела, як MalaCards.
- Інтерактивна мережа взаємодій білків (STRING interaction network) для генів цього SuperPath.
- Джерела — список всіх джерел (pathway databases), які внесли інформацію в цей SuperPath.
Чому корисно
- Зменшує надмірність і дублювання: багато шляхів з різних баз даних можуть сильно перекриватися. Замість того, щоб звертатися до кожного окремо, SuperPaths їх групують.
- Дозволяє побачити зв’язки генів, які раніше могли бути пропущені, бо один ген може належати до кількох шляхів із різних джерел.
- Підходить для аналізу наборів генів (наприклад, експресія, експерименти), щоб швидко зрозуміти, які шляхи або супер‑шляхи залучені, які хвороби можуть бути пов’язані.