ECMDB — це безкоштовна, ретельно курована база даних, яка містить метаболомні дані та схеми метаболічних шляхів для бактерії Escherichia coli (штам K12, MG1655). База була розроблена лабораторією Девіда Вішарта в Університеті Альберти, Канада, і є частиною родини баз даних, що охоплюють метаболоми різних організмів, таких як HMDB (людина), YMDB (дріжджі), SMPDB (метаболічні шляхи) та інші.
Основні характеристики ECMDB
- Метаболіти: 3755 маломолекулярних сполук.
- Ферменти та транспортери: 1402 ферменти та 387 транспортерів, пов’язаних з метаболітами.
- Метаболічні шляхи: 1542 шляхи, пов’язані з 3011 метаболітами.
- Спектри: 19 294 спектри NMR та MS (експериментальні та прогнозовані) для 3098 метаболітів.
- Дані: Кожен метаболіт містить понад 100 полів даних, включаючи хімічні властивості, біохімічні реакції, шляхи, посилання та пов’язані білки чи ферменти
Типи даних у ECMDB
- Хімічні дані: Структури метаболітів, фізико-хімічні властивості, спектри NMR, MS, GC-MS, LC-MS.
- Біохімічні дані: Реакції, ферменти, транспортери, гени, шляхи.
- Концентрації: Дані про концентрації метаболітів у різних штамах E. coli та умовах росту.
Доступ до даних
- Веб-інтерфейс: ecmdb.ca — для пошуку, перегляду та аналізу даних.
- Завантаження даних:
Застосування ECMDB
- Моделювання метаболічних шляхів: Використання даних для побудови та аналізу метаболічних мереж.
- Ідентифікація метаболітів: Порівняння експериментальних спектрів з базою даних для ідентифікації сполук.
- Вивчення метаболічних процесів: Аналіз впливу різних умов на метаболічні шляхи та концентрації метаболітів.
- Розробка біотехнологій: Використання даних для оптимізації процесів ферментації та біосинтезу.