ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements — Енциклопедія елементів ДНК) — це великий науковий проєкт, мета якого — виявити всі функціональні елементи в геномі людини та миші.
Він включає дослідження:
- зв’язування транскрипційних факторів (ChIP-seq),
- епігенетичних модифікацій,
- експресії генів (RNA-seq),
- структури хроматину (ATAC-seq, DNase-seq),
- взаємодій РНК та білків,
- і навіть одноклітинних експериментів.
Основні розділи сайту ENCODE
| Розділ / Інструмент | Призначення |
|---|---|
| Experiment search / matrix | Пошук експериментів за типом клітини, видом, методом тощо. |
| ChIP‑seq matrix | Дані ChIP-seq для транскрипційних факторів та гістонових міток у різних клітинах. |
| Single-cell experiments | Дані з одноклітинних експериментів — дозволяють бачити клітинну різноманітність. |
| Human / Mouse reference epigenomes | Опорні епігеноми людини та миші: доступність хроматину, метилювання ДНК тощо. |
| RNA‑protein interaction (ENCORE), EN‑TEx, Degron | Спеціалізовані набори даних (зв’язування РНК-білків, білковий нокдаун, тканинні експресії тощо). |
Додаткові функції
- Пошук по геномній ділянці: можна ввести координати (наприклад, chr1:123456-123789) і побачити, які елементи там присутні.
- REST API: дає змогу автоматизувати отримання даних — ідеально для біоінформатики.
- Матеріали та методи: опис використовуваних антитіл, протоколів, обробки даних тощо. Важливо для перевірки якості.
Приклад, що можна знайти?
- Дані про гістонові модифікації в печінці людини
- Зв’язування транскрипційного фактора CTCF у миші
- Експресію генів у нейронах
- Доступність хроматину в різних тканинах