YMDB — це база даних метаболітів дріжджів (Saccharomyces cerevisiae, пекарські/винні дріжджі). Вона ручної курованості (тобто дані з наукових публікацій, експериментів, підручників тощо) і охоплює метаболіти, що утворюються природним шляхом або під час ферментації / виробництва вина, пива, спиртного.
Які дані містяться в YMDB
- Понад 16042 малих молекул (метаболітів), а також 909 ферментів та 149 транспортерів, пов’язаних з цими метаболітами.
- Кожен метаболіт має ~48 полів даних (тобто інформація про хімічні властивості, спектри, джерела, умови, в яких спостерігався, шляхи утворення тощо).
- Є дані про спектри (MS, NMR) для багатьох метаболітів.
Доступ і використання
- Усі дані вільно доступні через веб‑інтерфейс.
- Є можливість завантаження спеціалізованих наборів: повна база даних в форматі JSON, структури молекул (SDF), білки/гени (FASTA).
- Для комерційного використання або перепоширення значної частини даних може знадобитись згадка джерела або спеціальний дозвіл.