Перейти до вмісту

Властивості ДНК полімераз

    ДНК полімерази — це ферменти, які відіграють ключову роль у процесах реплікації ДНК. Вони забезпечують синтез нових ланцюгів ДНК, використовуючи одну з двох ниток старої молекули ДНК як матрицю. Ось кілька основних властивостей ДНК полімераз:

    1. Полімеризація нуклеотидів: ДНК полімераза додає нові нуклеотиди до 3′-кінця новоутвореного ланцюга ДНК, використовуючи комплементарність до нуклеотидів матричної нитки (аденін до тиміну, гуанін до цитозину). В результаті утворюється новий ланцюг, що доповнює старий.
    2. Напрямок синтезу: Синтез ДНК відбувається лише в напрямку 5′ до 3′. Тобто полімераза додає нуклеотиди до 3′-кінця нового ланцюга.
    3. Вимоги до матриці: Для роботи полімерази потрібна матриця — одна з ниток ДНК, на основі якої вона синтезує комплементарну нитку.
    4. Перевірка на коректність: ДНК полімерази мають здатність до корекції помилок (польова екзонуклеазна активність). Якщо в процесі синтезу помилка, наприклад, неправильний нуклеотид, полімераза може видалити цей нуклеотид і замінити його правильним, що сприяє точності копіювання генетичної інформації.
    5. Ініціація синтезу: ДНК полімераза не може ініціювати синтез нової нитки без допомоги спеціальних ініціаторів, таких як РНК-примірники. РНК-примірник створюється ферментом ДНК-лігазою або іншими допоміжними білками і служить стартовим пунктом для полімерази.
    6. Принципи роботи у різних організмах: У прокаріотів (наприклад, у бактерій) є кілька типів ДНК полімераз (наприклад, полімераза I, II, III), які виконують різні функції в реплікації та ремонті ДНК. У еукаріотів (людей, тварин, рослин) також є кілька типів, таких як ДНК полімераза α, δ, ε, кожна з яких виконує специфічні функції в процесах реплікації та репарації.
    7. Кооперація з іншими білками: ДНК полімераза працює в комплексі з іншими білками, такими як гельказа (розкриває спіралі ДНК), ДНК-лігаза (склеює розриви в ДНК), кліпувальні білки (що стабілізують частину полімерази на матриці), а також допоміжними протеїнами, що сприяють роботі ферменту.
    AmpliTaq R ***Stoffel Fragment ****PfuVentVent (exo-)Deep Vent
    MW94kDa61.3kDa90kDa   
    Single chain or subuinitssinglesinglesingle   
    Number of amino acids832544    
    Optimal extension temperature72-80 o C72-80 o C72-80 o C72-80 o C  
    Extension rate (72 o C)2-4 kb / min2-4 kb / min ~ 1 kb / min  
    Reverse transcriptase activityminimal, lowminimal, lowminimal, low   
    Half-life97.5 o C / 10 ‘97 o C / 40 ‘92.5 o C /> 130 ‘97.5 o C / 20 ‘97 o C / 80 ‘95 o C / 4h100 o C / 2h95 o C / 8h  
    c 10% гліцеролом95 o C /> 60 ‘?95 o C /> 60 ‘   
    з 5% формамідом95 o C / 16 ‘?95 o C / 16 ‘   
    з 10% формамідом95 o C / 2 ‘?95 o C / 2 ‘   
    c 10% гліцеролом5% формамідом95 o C / 24 ‘?95 o C / 24 ‘   
    процессівность(Підстав)50-60 (42-30)5-1020-304-104-10 
    5′-3 ‘екзо. активністьєнемаєнемаєнемаєнемаєнемає
    3′-5 ‘прим. активністьнемаєнемаєєєнемаєє
    A-tailдада (менше)немаєнемаєнемає 
    m (DNA)1.4nM1.4nM 0.1nM0.1nM0.01nM
    m (dNTP)16μM  60μM40μM50μM
    питома активність250000u / mg 22500u / mg   
    Strand displacementнемає  єє 
    Нік трансляціяє  немаєнемаєнемає
    3 ‘dNMP обміннемає  єнемаєє
    Частота помилок (х10 -6 )285501.657190 
    довжина PCR продукту~ 5kb*    
    Mg 2+1-4mM2-10mM1.5-8mM1-10mM  
    pH7.0-7.57.0-7.57.0-7.5   
    dNTP40 -200μM40-200μM~ 200μM *   
    KCl50mM10mM 0-100mM, 5-50mM (NH 4 ) 2 SO 4  
    праймер0.1-1.0μМ0.1-1.0μМ    
    Примітки  278 = 0.74 для 1mg / ml.**