Це проєкт, що має на меті зібрати епігеномні дані (модифікації хроматину, доступність ДНК, метилювання, експресія тощо) для різних тканин / клітин людини. Дані централізовано розміщені у GEO (Gene Expression Omnibus) — базі даних NCBI.
Тут доступні:
| Розділ | Що дає |
|---|---|
| Samples (Зразки) | Список конкретних зразків / експериментів. Можна подивитись тип клітини, тип експерименту (наприклад, ChIP‑seq, Bisulfite‑Seq, доступність ДНК), датування, джерело. Є посилання на файли (.sra, .bam, .wig тощо) для завантаження. |
| Studies (Дослідження) | Групи зразків / експериментів, об’єднані у дослідження. Можна завантажити всі дані одного дослідження. |
| Matrix (Матрична таблиця) | Таблиця, що показує, скільки експериментів / зразків існує по кожній комбінації (клітина × епігеномний маркер чи assay). Це зручно, щоб в одному погляді бачити, чи є дані, які вас цікавлять. |
Приклади змісту
- Зразки з клітинної лінії H1: різні гістонові мітки (H3K4me1, H3K4me3, H3K27ac і т.д.), Bisulfite‑Seq (для метилювання ДНК), DNase hypersensitivity.
- Інші клітинні лінії, наприклад IMR90, також присутні із відповідними даними.
- Файли для завантаження:
.sra(сировинні дані),.bam,.wig,.bed— залежить від формату обробки.
Як користуватись — поради
- Фільтрація / пошук
Використовуй панель пошуку чи фільтри, щоб знайти зразки за клітинним типом, за типом assay, за дослідженням тощо. Наприклад: “H1 cell line” + “H3K27ac”. - Перегляд треків
Є можливість View tracks — це відкриває дані у Genome Browser (UCSC чи інші), щоб побачити, як виглядають дані по геномній координаті. - Завантаження
- Можна завантажити окремі файли (sra, bam, wig).
- Можна завантажити всі файли з дослідження або групи (batch download).
- Є FTP‑сервіс, якщо хочеш завантажувати великі обсяги даних.
- Матриця наявності даних
Перед тим, як планувати аналіз, корисно подивитись матрицю, щоб точно знати, чи є потрібні вам комбінації (клітинний тип + модифікація), чи потрібно брати наближений чи інший тип.