20.0 / Фотограф
Оповідання з циклу “Проєкт 20”
1. Світло з вулиці
Її звали Лада.
Фотограф. Невідома, непримітна, трохи тиха.
Мала стареньку “плівку” й улюблений об’єктив 50mm — той, що “бачить правду”.
Триєдина формула життя
1. Геном = потенціал
- Це набір можливостей, «букви» та «деталі конструктора».
- Він стабільний, але сам по собі мовчазний.
ECMDB (E. coli Metabolome Database)
ECMDB — це безкоштовна, ретельно курована база даних, яка містить метаболомні дані та схеми метаболічних шляхів для бактерії Escherichia coli (штам K12, MG1655). База була розроблена лабораторією Девіда Вішарта в Університеті Альберти, Канада, і є частиною родини баз даних, що охоплюють метаболоми різних організмів, таких як HMDB (людина), YMDB (дріжджі), SMPDB (метаболічні шляхи) та інші.
Читати далі »ECMDB (E. coli Metabolome Database)YMDB – Yeast Metabolome Database
YMDB — це база даних метаболітів дріжджів (Saccharomyces cerevisiae, пекарські/винні дріжджі). Вона ручної курованості (тобто дані з наукових публікацій, експериментів, підручників тощо) і охоплює метаболіти, що утворюються природним шляхом або під час ферментації / виробництва вина, пива, спиртного.
Читати далі »YMDB – Yeast Metabolome DatabaseHMDB (Human Metabolome Database)
Human Metabolome Database (HMDB) — це безкоштовна електронна база даних, яка містить детальну інформацію про дрібні молекули‑метаболіти, що присутні в організмі людини. Використовується для метаболоміки, клінічної хімії, пошуку біомаркерів, навчання та науки. Базу створено та підтримує Human Metabolome Project (Університет Альберти, Канада) та інші партнери.
Читати далі »HMDB (Human Metabolome Database)Протеом
Протеом — це сукупність усіх білків, які продукуються клітиною, тканиною або організмом у певний момент часу та за певних умов.
Читати далі »ПротеомЕпігенетичний шум
Епігенетичний шум — це термін, який використовується для опису невипадкових, але неконтрольованих варіацій в епігенетичних модифікаціях (наприклад, у метилюванні ДНК, модифікаціях гістонів тощо), які виникають між клітинами одного організму або навіть між двома ідентичними клітинами.
Читати далі »Епігенетичний шумМолекулярний шум
Молекулярний шум — це термін, який описує випадкові (стохастичні) флуктуації на молекулярному рівні в клітині. Він виникає через те, що біохімічні процеси відбуваються не з математичною точністю, а з певною долею випадковості.
Читати далі »Молекулярний шумHuman Cell Atlas (HCA)
- Human Cell Atlas — це міжнародна наукова співпраця, яка має на меті створити докладну карту всіх типів клітин людського тіла протягом життя.
- Проєкт стартував у 2016 році.
- HCA використовує сучасні методи: single‑cell транскриптоміка, просторові технології, аналіз на різних стадіях розвитку тканин, для багатьох органів і систем.
NIH Roadmap Epigenomics
Це проєкт, що має на меті зібрати епігеномні дані (модифікації хроматину, доступність ДНК, метилювання, експресія тощо) для різних тканин / клітин людини. Дані централізовано розміщені у GEO (Gene Expression Omnibus) — базі даних NCBI.
Читати далі »NIH Roadmap Epigenomics